Dû au nombre croissant des adeptes du calvinisme dans les environs à partir de 1555, la région commença à connaître une période noire ou catholiques et calvinistes s’affrontèrent pendant une quarantaine d’années. Avec l’édit de Nantes de 1598, la liberté de culte fut accordée aux protestants. La paix revint donc à Nyons, mais après la mort d’Henri IV et la révocation de l’édit de Nantes en 1685, l’intolérance fit sa réapparition.

Le temple fut incendié, et les calvinistes durent se cacher pour pratiquer leur culte. Si ils étaient pris, ils pouvaient être tués sur place, ou aller aux galères. Certains huguenots en profitèrent pour fuir le pays, on les appelait « déserteurs » et ils risquaient des poursuites. En 1787, l’édit de Tolérance mit fin à ces pratiques.

La révolution de 1789, n’eut pas de graves conséquences pour les Nyonsais, qui avaient acquis nombres de privilèges et franchises aux cours des siècles et vivaient presque en démocratie.

En 1792, le prieuré fut vendu comme bien ecclésiastique. La partie centrale du vieux monastère fut transformée en Palais de Justice.