Pendant ce temps, l’église s’était organisée et avait accumulé des fortunes considérables. Celà lui permit d’avoir un rôle politique important. Se réunissant à Mantaille (Nord de la Drôme), l’église nomma Boson roi de Bourgogne (879) et donc du Nyonsais.

En 1032, Rodolphe III, dernier héritier de la couronne mouru sans descendance. Son beau père Conrad, Empereur d’Allemagne devint alors roi de Bourgogne. Mais la distance le séparant de son nouveau royaume, rendit son titre honorifique.

Les petits seigneurs et les religieux, profitèrent de l’absence de contrôle pour augmenter leur influence. Dans la région, on nota l’émergence rapide de trois groupes : Les Barons de Mévouillon contrôlant la vallée de l’Ouvèze et la région de Buis ; Les Barons de Montauban contrôlant la haute vallée de l’Eygues et Nyons ; l’abbaye Saint Césaire tirant ses ressources de Nyons, Mirabel et Vinsobres.

En 1206, craignant pour la sécurité du prieuré Saint Césaire, Dragonnet de Montauban et son fils furent chargés de défendre le château de Nyons et ses habitants. Dragonnet II négocia de nouveaux privilèges contre le prieuré, en faveur des Nyonsais. A sa mort, sa fille Randonne, prit le pouvoir, fit construire une tour, et dépensa toute sa fortune. Son fils, Roselin de Lunel, légua tous ses bien à Hughes Adhémar de Ligure, qui vendit à son tour la baronnie au dauphin Humbert I pour payer ses dettes.

En 1307 à la mort du Dauphin, Guy prit le titre de Baron de Montauban et traita de nouveau avec le prieuré. Les Nyonsais bénéficièrent de nouvelles faveurs, qui firent d’eux des privilégiés pour l’époque.

A cette époque, Nyons commença à s’agrandir. La place des Halles fût construite. Le château et les remparts de la cité furent renforcés.
Le quartier de la Maladrerie vit le jour à cette époque. On y isolait du reste de la ville, les personnes souffrant de la lèpre.